Stratifikasjon er ein periode om sommaren og vinteren der vassmassane i ein innsjø er lagdelte.
Under sommarstagnasjonen er vassmassane delte i eit varmt og produktivt lag kalla epilimnion, som ligg over eit kald, mørkt lag kalla hypolimnion. Denne lagdelinga om sommaren vert kalla sommarstratifikasjon. Denne termiske lagdelinga hindrar at vassmassane sirkulerer fritt, som dei gjer under fullsirkulasjonane om våren og hausten, og dei nedre vassmassane er då heilt avstengt frå kontakt med lufta. Samanlikna med sommarstagnasjonen er vinterstagnasjonen prega av liten planteplanktonproduksjon i vatnet. Det kjem mellom anna av dårlege lystilhøve, særleg om innsjøen er dekt med is og snø, og låge temperaturar.
I epilimnion produserer planteplankton og større undervassplanter organisk stoff, og dermed vert det frigjort oksygen. Planter og dyr, samt nedbryting av organisk stoff, nyttar noko av dette oksygenet, men på grunn av sirkulasjonen i vatnet vil oksygeninnhaldet i epilimnion vere om lag i likevekt med oksygeninnhaldet i lufta. Under vinterstagnasjonen er derimot oksygenproduksjonen liten, og det vert nytta langt meir oksygen enn det som vert produsert. I hypolimnion er det derimot berre oksygenforbruk og ingen gassutveksling med lufta. I grunne eutrofe innsjøar kan det derfor bli oksygenmangel. Her vert det òg ofte danna forskjellige gassar, som hydrogensulfid, i botnvatnet. I tillegg blir det rikt på næringssalt som vert frigjort gjennom nedbryting av organisk stoff. I oligotrofe innsjøar er tilførsel og nedbryting av organisk stoff i djupvatnet liten, og slike innsjøar har mykje oksygen og lite næringssalt både i epilimnion og hypolimnion under sommerstagnasjonen.